Die Ladegast-Orgel ist klanglich wie technisch ein hervorragendes Dokument spätromantischer Orgelbaukunst in Deutschland. Friedrich Ladegast, einer der bedeutendsten Orgelbauer des 19. Jahrhunderts, schuf ein völlig neues Orgelwerk mit neugotischem Schauprospekt. In der Tradition Silbermannscher Orgelbaukunst stehend und fortgebildet in der Pariser Werkstatt eröffnete er 1846 in Weißenfels eine eigene Werkstatt. Seine romantisch gestimmten Orgeln verhalfen dem Künstler bald zu Ruhm und zahllosen Aufträgen. Die Orgel in der Johanniskirche ist ein zuletzt erhaltenes Instrument von einst drei Ladegast-Orgeln in Wernigerode. Die Orgel wurde 1885 gebaut. Sie besitzt bei drei Manualen und Pedal, 33 klingende Register. Die Disposition der Orgel blieb original erhalten. Lediglich ein Register im 3.Manual, ein Lieblich Gedackt, wurde mit Billigung des Vaters im Jahre 1902 durch den Sohn Oskar Ladegast gegen eine Vox Celestic 8' getauscht. Hinter dem siebenfeldrigen Prospekt verbergen sich einige technische Neuerungen, wie der Barkerhebel, eine Zwischenbalganlage mit pneumatischer Kraftübertragung, sowie Kombinationsschritte.

Besonderer musikalischer Höhepunkt ist die Reihe „Orgel zur Nacht“, die jährlich in den Sommermonaten in unserer St. Johanniskirche stattfindet.